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Dans Harry Potter et l'Ordre du phénix, Sirius a mis à disposition de l'ordre du Phénix la maison du 12 Square Grimmaurd dans laquelle il a passé son enfance pour qu'elle en devienne le quartier général. Sirius doit rester cloîtré dans cette maison qu'il déteste, sa tête étant mise à prix et les Mangemorts connaissant son statut d'animagus grâce à Peter. Il garde contact avec Harry le plus souvent possible au moyen de lettres ou par ses apparitions nocturnes dans la cheminée de la salle commune de Gryffondor, mais il manquera de se faire capturer par Dolores Ombrage qui surveille tous les feux de Poudlard. Sirius lui explique presque tout des plans de Voldemort, ce qui lui est reproché par Molly Weasley, qui l'accuse de confondre son filleul avec son meilleur ami James, le père de Harry. Fin juin, Voldemort envoie à Harry une fausse vision selon laquelle Sirius est son prisonnier dans le département des mystères du Ministère. Il s'agit d'une ruse pour prendre possession de la prophétie, Voldemort ayant besoin de Harry pour l'avoir. Grâce à Rogue qui a donné l'alerte, les membres de l'ordre du Phénix, dont Sirius, rejoignent le plus vite possible Harry et ses amis au Ministère de la Magie. À l'écart de la bataille qui s'ensuit, Sirius affronte sa cousine Bellatrix Lestrange et se battent près d'une mystérieuse arche devant laquelle est tendue un voile qui semble onduler tout seul. Bellatrix met rapidement fin au combat en lui jetant le sort : "Avada Kedavra", le sort de mort. Sirius, tout du moins ce qui semble être l'âme de Sirius, est alors aspiré dans le voile de la mystérieuse arche.